José Pérez de Arce A. investiga la música indígena de los Andes desde los ‘80. Sus publicaciones y conferencias cubren el tema abarcando tradiciones prehispánicas, indígenas y mestizas desde perspectivas tales como los instrumentos musicales y sus manifestaciones, las estéticas sonoras, las agrupaciones orquestales y las relaciones sonoras con el entorno y con la sociedad. Su especialización como arqueomusicólogo le ha permitido trazar continuidades y transformaciones desde períodos prehispánicos hasta el presente, como el caso de los bailes chinos ligadas a la expansión de Tiwanaku, o la teoría de la conformación del encordado del guitarrón chileno en base a una antigua estética sonora de carácter local. Los estudios de instrumentos prehispánicos como las campanas santamarianas, las botellas silbadoras, las antaras surandinas, las flautas prehispánicas de Ecuador y los sikus han permitido entender mejor la especificidad andina a nivel continental.